Le narrateur dans le roman est Jim Hawkins.C'est le fils du propriétaire de l'auberge « L'Amiral Benbow » .L'histoire se déroule dans un port anglais au XVIIIe siècle. Un jour, un vieux loup de mer nommé
Billy Bones débarque à l'auberge et s'y installe pendant quelques mois. Jim est fasciné par le marin colérique, violent et ivrogne; Ce dernier reçoit un jour la visite de Pew, un mystérieux aveugle qui lui remet « la tache noire », annonciatrice de mort dans le monde des pirates. Alors que les heures de Billy Bones sont comptées, il meurt, foudroyé par une crise d'apoplexie. En ouvrant le coffre du pirate, Jim et sa mère découvrent une carte indiquant la cachette d'un fabuleux trésor que la bande du fameux capitaine Flint a enfoui dans une île déserte. Avec l'aide du docteur Livesey et du chevalier Trelawney, un navire baptisé l'Hispaniola est affrété pour partir à la recherche du trésor. Au cours de la traversée, Jim surprend une conversation entre le cuisinier, un personnage pittoresque à jambe de bois appelé Long John Silver, et des hommes d'équipage : il apprend ainsi que la plupart des marins à bord de l'Hispaniola sont des pirates et qu'une mutinerie se prépare pour s'emparer du trésor. Jim avertit ses amis qui décident de ne pas agir avant d'être à terre tout en restant sur leurs gardes. Lorsque l'île est atteinte, la lutte s'engage entre les deux groupes. Divers épisodes plus indécis les uns que les autres se déroulent (dans lesquels apparaît Ben Gunn, un pirate abandonné sur l'île par Flint), et pour finir le trésor tombe entre les mains de Jim et ses amis. L'Hispaniola reprend la mer avec sa précieuse cargaison et finit par regagner l'Angleterre, non sans que Long John Silver ait réussi à s'enfuir avec un sac de pièces d'or extraites du trésor lors d'une escale.