L'histoire se déroule dans un port anglais au XVIIIe siècle.Le narrateur dans le roman est le jeuneJim Hawkins.C'est le fils du propriétaire de l'auberge « L'Amiral Benbow » . C'est dans cette auberge que l'histoire commence.
Un jour, un vieux loup de mer nommé Billy Bones (dit le capitaine)débarque à l'auberge et s'y installe pendant quelques mois. Jim est fasciné par ce marin colérique, solitaire et ivrogne qui passe son temps à surveiller les alentours de l'auberge.Il révèle à Jim qu'il se cache des pirates.
Un jour Ce capitaine reçoit la visite de Pew, un mystérieux aveugle qui lui remet « la tache noire », qui est annonciatrice de mort dans le monde des pirates. N'ayant pas pu supporter cette menace, Billy Bones meurt, foudroyé par une crise d'apoplexie.
Aprés la mort du pirate , Jim et sa mère ouvrent son coffre et découvrent une carte indiquant la cachette d'un trésor que le fameux pirate Flint a enfoui dans une île déserte avant qu'il ne meurre ,sans livrer son secret à quiconque. Jim remet la carte trouvée au chevalier Trelawney ,le châtelain du village.Ce dernier décide d'aller à la recherche du trésor .Il invite Jim et le docteur Livesey à faire partie du voyage.
Un navire baptisé l'Hispaniola est alors affrété pour partir à la recherche du trésor. Au cours de la traversée, Jim surprend une conversation entre le cuisinier à la jambe de bois appelé Long John Silver, et des hommes d'équipage : il découvre ainsi que la plupart des marins à bord de l'Hispaniola sont en réalité des pirates et qu'ils n'attendent que le moment propice pour tuer Jim et ses amis et s'emparer du trésor. Jim avertit ses amis qui décident de ne pas agir avant d'être à terre tout en restant sur leurs gardes. Lorsque l'île est atteinte, la lutte s'engage entre les deux groupes. Divers évènements et confrotations se déroulent dans l'île.Une belle surprise attend Jim et ses amis :ils rencontrent Ben Gunn, un pirate abandonné dans l'île par Flint et qui vit là ,seul, depuis quelques années.
Finalement, c'est grâce à l'aide de Ben Gunn que Jim et ses amis réussissent à trouver le fabuleux trésor.
Jim et ses amis reprennent la mer avec le précieux trésor et regagnent l'Angleterre ,non sans avoir abondonné,dans l'île, les pirates qui ont survécu aux confrontations ,afin de les punir. Seul le pirate John Silver fait partie du voyage du retour,mais il réussit à s'enfuir pendant une escale du bateau en volant une petite part du trésor